医药通的大部分功能与商贸通相同，不同点是医药通注重药品的基本属性，例如生产日期、有效期、是否为处方药，以及一些其他药品行业的参数。通用的功能请跳转至商贸通文档，医药通特有的功能请在该页面查看。

     主要功能包括：商品管理、价格管理、采购管理、销售管理、店铺管理、促销管理、会员管理、供货商管理、库存管理、应收款管理、应付款管理、配货管理、发货管理、供货商来往账管理、收入管理、支出管理、利润核算等基本功能；同时包括销售数据分析、会员消费分析、库存分析等大数据分析的高级功能；手机端采用H5的方式与微信公众号关联，顾客可以通过手机进行商品浏览、下单购物、在线支付。商家可以通过手机进行商品发布、上架下架、库存查询、库存调整、退货审核、销量监控等操作。该系统还具有团购和分销功能，下设团长（代理商）和普通用户两种角色，团长享受下级普通用户的购物差价；团长之间又设推荐人，推荐人可享受被推荐人一定比例的购物返利。（尽管医药通支持团购与分销功能，但对于药品的特殊性可以忽略使用该功能。）